SMP N 2 Brangsong beroperasi pertama kali pada semester 1 tahun pelajaran 1993/1994. Karena unit gedung baru SMP N 2 Brangsong masih dalam tahap pembangunan, sementara menginduk di SMP N 1 Brangsong. Jumlah kelas pada tahun pertama yang diterima di SMP N 2 Brangsong adalah 2 kelas.
Pada awal tahun pelajaran 1994/1995, gedung SMP N 2 Brangsong telah siap, maka mulai tahun ajaran ke dua, pembelajaran sudah dilaksanakan di gedung SMP N 2 Brangsong yang terletak di Jl. Kertomulyo Brangsong. Jumlah kelas pada tahun ke 2 adalh 4 kelas.
Sampai saat ini, SMP N 2 Brangsong berkembang menjadi 24 kelas.